周树人君当时在仙台医专求学时，有一位解剖学教授叫藤野严九郎，对他非常照顾，认真给他修改课堂笔记，关心他的语言障碍和食宿问题，还时时鼓励他。然而到第三年时，周树人君决定退学。藤野先生很惋惜，周树人君觉得愧对恩师。
离别的时候，藤野送给周树人君一张自己的相片，并且在背后题字，可见师生二人友谊之深。周树人君当时没有合适的相片回赠，说日后照了寄过来，还说会时时通信告知先生自己的状况。然而他这一走，相片没寄，信也不见一封。他自己对此的描述是：“我离开仙台之后，就多年没有照过相，又因为状况也无聊，说起来无非使他失望，便连信也不敢写了。经过的年月一多，话更无从说起，所以虽然有时想写信，却又难以下笔，这样竟没有寄过一封信或一张照片。”
其实，那期间他归国觅职，照过相，还很帅气。只是，他自己没有心情寄出。他所谓的“状况也无聊”，是指状况很不好。因为在那些年里，愤青周树人在黑暗中寻找光明，四处碰壁。
当时他的学术水平已经很高了，可谓知识广博、思想深刻。就在退学之后的第二年，他写了几篇古文，包括《人之历史》《科学史教篇》《文化偏至论》和《摩罗诗力说》等，都是很有价值的文章，直到现在，评价依然非常高。但在当时，根本没人理会他的这些文章。
1918年，37岁的周树人以“鲁迅”为笔名发表小说《狂人日记》，迈出了成为文豪的第一步。1926年，45岁的鲁迅先生发表散文《藤野先生》。1931年，有朋友写信问他，藤野严九郎是不是真名？鲁迅回信说是真名，然后说自己很想念藤野先生，曾经托日本的朋友打听先生的近况，却被告知十几年前仙台医专被并入东北帝国大学，缩减教授编制，藤野先生辞职，如今下落不明。
为何现在他又开始找藤野先生了？一来，当然是因为思念。二来，更重要的是，他的状态完全不一样了。他仍然在碰壁，可现在他是巨人，碰壁则壁倒，而且摧枯拉朽！
1931年，日本学生增田涉来上海留学，拜鲁迅先生为师。鲁迅教青年学生一向用心，对这个日本学生更是格外照顾，一如藤野当年的风范。
1934年，日本出版商岩波书店的老板來上海拜访鲁迅先生，请求翻译鲁迅文集并在日本出版。他们最终选定了两名译者，一个是鲁迅的学生增田涉，另一个是日本诗人佐藤春夫。鲁迅说文章你们来选就是了，只是有一篇《藤野先生》一定要包含在内，我希望借这个机会，找到藤野先生。
1935年，文集在日本出版，鲁迅多次向岩波书店、增田涉和佐藤春夫打听是否有藤野先生的消息，都一无所获。
1936年10月，55岁的鲁迅先生在上海病逝，他的床头还摆着藤野的那张照片。
他的朋友知道他的这份遗憾，继续替他寻找藤野先生，哪怕找到藤野先生的后人也好。1936年年底，鲁迅的日本同学小林茂雄终于找到了藤野先生。原来他还活着！
藤野严九郎生于1874年，大鲁迅7岁。他家世代行医，他自己毕业于爱知县立医学校（现为名古屋大学医学部）。1903年到1915年期间，他在仙台医专任解剖学教授。
藤野先生确实如鲁迅写的那样，穿衣服马虎，专业上却极其认真。考试时分数给得严格而死板，一些学生因为解剖学成绩低于50分而留级，所以都恨藤野。
藤野虽然认真教导周树人君，3个学期给周君的成绩却分别是60、60、58。然而就连这样的分数也给周君惹了麻烦——学校里有人认为，中国学生不可能得这么高的分数，多半是藤野在周树人的笔记上给他漏了题，还拿走周树人的笔记调查了一番。此事颇为屈辱，鲁迅将此事写在了散文《藤野先生》里。
1915年，仙台医专并入东北帝国大学，那时的日本大学崇洋媚外，41岁的藤野严九郎因为没有留学经历而失业。然后他尝试去别的学校找个教授职务，都被拒绝。无奈之下，藤野去东京进修临床外科，学习行医。结业后，他进了东京一家慈善医院做医生，但很快又失业了。就在他四处找工作期间，他的妻子病逝。
也就是说，周树人在中国碰壁的时候，藤野先生在日本也处处碰壁。只是他没有周树人那样的本领。
中年多次失业又丧妻，落魄的藤野严九郎只好回了老家福井县，投奔他二哥藤野明二郎。明二郎在镇上开小诊所，收留严九郎在此行医。
藤野严九郎毕竟是在外面上过大学当过教授的，在农村老家还是有点面子的，于是得以再婚，娶了第二任妻子。新丈人出资给他开了一家耳鼻科诊所，他开始单干。
然而，第二年，藤野明二郎猝死。明二郎的孩子还小，难以支撑诊所，也就难以维持生活，严九郎便隔日去明二郎的诊所一趟，维持其生意。于是他常年在两个诊所之间两头跑，养着两家人。
藤野严九郎教书多年，脾气直而且死板，非常不擅长接待病人。好在他行医认真，两个诊所能够勉强开下去。山村居民贫穷，藤野严九郎收费很低。病人没钱的时候，他就干脆免费治疗了。虽然他的日子过得捉襟见肘，但他在当地颇受人尊重。
1919年，藤野先生45岁，妻子给他生了个儿子，取名藤野恒弥。中年得子，也算是人生慰藉。两年后妻子又生了一个儿子。
1935年，当时藤野恒弥在读高中，一天老师菅好春老先生叫恒弥过来，交给他一本书，说：“这本新出的书，是中国大文学家鲁迅先生的散文集，里面有一篇写的人叫藤野严九郎，跟你父亲的名字一样。你拿回去问问你父亲是不是他。”那年，藤野先生61岁。
那天，恒弥交给藤野那本来自中国大文豪的文集，指给他看那一篇《藤野先生》。藤野读到30年前的自己，在仙台给学生上课时的样子：我就是叫作藤野严九郎的……
那篇《藤野先生》的末尾写道：“他所改正的讲义，我曾经订成三厚本，收藏着的，将作为永久的纪念。不幸7年前迁居的时候，中途毁坏了一口书箱，失去半箱书，恰巧这讲义也遗失在内了。责成运送局去找寻，寂无回信。只有他的照相至今还挂在我北京寓居的东墙上，书桌对面。每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光中瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现，而且增加勇气了，于是点上一支烟，再继续写些为‘正人君子’之流所深恶痛疾的文字。”
那本文集的卷首印有鲁迅先生的照片，藤野拿放大镜慢慢看，说：“真的是周君啊！”
合上书卷后，他一个人发了好一会儿呆。最后对儿子说：“写的是我。但是，你不要跟别人说。”
藤野恒弥很听话，这么荣耀的事，也没跟别人说。但菅好春老师又问起他时，他也不好撒谎，便如实告诉了老师。菅老师过来拜访藤野严九郎，二人聊了好久。菅老师离开之后，再没跟别人提起此事。于是，虽然藤野严九郎的大名在中日两国被读书人津津乐道，却没人知道真正的藤野严九郎仍然在偏僻的山村勉强谋生。
1936年10月，文豪鲁迅的死讯在日本见报。根据藤野先生的侄子后来描述，当时藤野看着报纸上鲁迅的照片，把报纸举过头顶，拜了几拜。
年底，鲁迅的朋友小林茂雄找到藤野先生。藤野这才知道，鲁迅不只把他的照片挂在墙上，把他写进散文里，这些年还一直在找他，想见他一面，哪怕能见他的后人一面。藤野先生追悔莫及。然后，日本记者向藤野先生约稿，他写了一篇短文《谨忆周树人君》，发表在日本的报纸上。
在藤野先生的回忆里，32年前的周树人君是这样的：
“周君身材不高，臉圆圆的，看上去人很聪明。记得那时周君的身体就不太好，脸色不是健康的血色。”
关于认真修改周君的课堂笔记，在藤野先生的记忆里是这样的：“周君学习很努力，上课时非常认真地记笔记。可是我看他听日语和说日语都不利索，想必学习很吃力。于是我讲完课后就留下来，看一遍周君的笔记，把周君漏记、错记的地方添改过来。”
至于为何对周君这样特别照顾，藤野的解释是：“尽管中日甲午战争已过去多年，还有很多日本人把中国人骂为‘梳辫子和尚’，说中国人的各种坏话。在仙台医专也有这么一伙人以白眼看待周君，把他当成异己。我在少年时代，曾经跟福井藩校毕业的野坂先生学习过汉文，我很尊敬中国的先贤，同时也认为要爱惜来自这个国家的人。这大概就是我让周君感到特别亲切、特别感激的缘故吧。”
可是，1935年他读了鲁迅的《藤野先生》，却没有联系鲁迅，也不让外人知道。这又是为什么呢？
他说：“周君在小说里，或是对他的朋友，都把我称为恩师，如果我能早些读到他的这些作品就好了。听说周君直到逝世前都想知道我的消息，如果我能早些和周君联系，周君该会有多么欢喜啊。可是现在什么也无济于事了，真是遗憾。我退休后居住在偏僻的农村，对外面的世界不甚了解，尤其对文学是个完全不懂的门外汉。”
为什么要提自己“不懂文学”？他觉得自己以“解剖学老师”这个身份去见鲁迅，做人家文豪的师长，很不合适。
藤野先生说“偏僻”，其实心里想的是“贫穷”;说“不懂文学”，其实心里想的是“没地位”。人家是两国闻名的大文豪，又对先生怀着一颗感恩的心。而他这个先生，现在竟如此落魄潦倒。
自1907年二人离别之后，先是周树人失望于自己的状况，不肯联系藤野;后来是藤野失望于自己的状况，不肯联系周君。两厢自卑之下，这30年的跨国师生友谊，只落得照片背后两个字：惜别。
这篇《谨忆周树人君》发表于1937年3月。当年7月，卢沟桥事变爆发，日寇全面侵华。
那时日军大量购买药品，日本国内药价高涨。藤野先生的两个诊所囤有不少药，便有药商来高价求购，并说这是军队前线需要的，意义重大。藤野虽然缺钱，却一点儿都不卖，只推说当地村民还需要。
药商走后，藤野把自己的两个儿子叫过来，对他们说：“你们记着，中国，乃是将文化教给日本之先生。”
1945年1月，藤野先生的长子藤野恒弥病死在广岛。老年丧子，71岁的藤野先生极为悲伤，一度精神不振。但由于生活所迫，很快他又回诊所工作。几个月后的一天，藤野先生在工作中感觉疲惫，说要回去休息一下，却在路上晕倒，被人发现后抬回去。熬了一夜，第二天上午他便与世长辞。4天后，日本宣布投降。